Natura 2000-områderne er udpeget på baggrund af EU’s naturbeskyttelsesdirektiver – fuglebeskyttelsesdirektivet og habitatdirektivet – med det overordnede mål at sikre gunstig bevaringsstatus for naturtyper og arter ud fra det udpegningsgrundlag, der findes for de enkelte Natura 2000-områder.
De statslige Natura 2000-planer er juridisk bindende for myndighederne. Det betyder, at alle myndigheder i deres arealdrift, naturforvaltning eller ved udøvelse af deres beføjelser i henhold til lovgivningen i øvrigt skal lægge Natura 2000-planen til grund.
I Gentofte Kommune findes ét Natura 2000-område: Brobæk Mose og Gentofte Sø (Natura 2000-område nr. 141).